Nawawi juga pernah dimutasi ke Pengadilan Negeri Balikpapan dan dipindahkan lagi ke Pengadilan Negeri Makassar pada 2005.
Namanya mulai dikenal saat bertugas di Pengadilan Negeri Jakarta Pusat pada 2011-2013. Saat itu dia dikenal sebagai hakim dengan spesialisasi mengadili kasus tindak pidana korupsi yang dilimpahkan oleh KPK.
Pada 2016, dia juga menjabat sebagai Ketua Pengadilan Negeri Jakarta Timur dan diperbantukan sebagai hakim Pengadilan Tipikor Jakarta.
Di tahun 2017, Nawawi mendapatkan promosi sebagai hakim tinggi pada Pengadilan Tinggi Denpasar.
Baca juga: Ketua KPK Firli Bahuri Resmi jadi Tersangka Pemerasan Kasus Syahrul Yasin Limpo
Kemudian Nawawi terpilih sebagai pimpinan KPK pada akhir 2017. Namanya dikenal publik setelah memutus kasus suap yang melibatkan mantan hakim Mahkamah Konstitusi, Patrialis Akbar, terkait dengan uji materi UU Peternakan dan Kesehatan Hewan.
Nawawi juga menjadi salah satu hakim yang memutus kasus suap dengan terpidana mantan Ketua DPD Irman Gusman.